Dopo il 1938 l'Austria perse la sua indipendenza divenendo parte del Reich nazista. Allo stesso modo la Boemia, staccata dalla Slovacchia venne in parte annessa e in parte trasformata nel "Protettorato di Boemia e Moravia". Nel Reich e nel Protettorato si svolsero le prime operazioni di deportazione nell'area occidentale europea.
Durante gli anni precedenti alla guerra (vale a dire a partire dal 1938) quando ancora non era stato varato il piano di sterminio i tedeschi procedettero all'organizzazione dell'emigrazione della popolazione ebraica locale.
A coordinare l'emigrazione venne chiamato Adolf Eichmann che creò a Vienna prima e a Praga poi l'Ufficio Centrale per l'Emigrazione Ebraica. In Germania una struttura analoga venne creata a Berlino sotto la direzione di Reinhard Heydrich.
Dopo lo scoppio della guerra la scelta di sterminare gli ebrei si sostuì progressivamente a quella dell'emigrazione. Gli ebrei rimasti nel territorio del Reich e del Protettorato dovevano essere dunque trasferiti verso i centri di sterminio.
Come ovunque i rastrellamenti di ebrei erano compito degli uffici locali della GESTAPO cooidinati dall'Ufficio IV-B-4 di Eichmann.

Inizialmente i tedeschi utilizzarono le Comunità Ebraiche locali alle quali ordinavano di compilare gli elenchi delle persone destinate alle deportazioni. Questa tecnica venne utilizzata sino a quando le vittime potenziali furono molto numerose. Quando però una città era stata quasi del tutto svuotata dagli ebrei che vi risiedevano si passava ad un altro sistema: la GESTAPO utilizzava gli elenchi di cui era in possesso e procedeva agli arresti senza chiedere nulla alla Comunità Ebraica locale.
In tutta l'area le operazioni di deportazione furono svolte con grande efficienza e rapidità. A Francoforte ad esempio nel giro di un anno dei 10.500 ebrei censiti ne rimanevano soltanto 1.000. A Vienna - dove le deportazioni iniziarono nell'ottobre 1941 - la Comunità passò dai 51.000 agli 8.000 della fine del 1942. I 73.000 ebrei di Berlino a fine giugno 1942 erano ridotti a 54.000.
I dati della deportazione verso i campi di concentramento e sterminio furono riassunti dallo statistico Richard Korherr che al 31 dicembre 1942 così riassumeva i risultati della deportazione:

Evacuati dalla Germania	100.516
Evacuati dall'Austria	47.555
Evacuati dal Protettorato	69.677
Totale	217.748

Rimanevano ancora 47.205 ebrei "deportabili" e altri 27.774 appartenenti a matrimoni misti. Gli ebrei della Germania, dell'Austria e del Protettorato vennero in parte inviati a Minsk, a Kaunas e a Riga dove vennero fucilati. Una buona parte venne destinata ai campi di Kulmhof, Auschwitz, Belzec, Sobibor, Treblinka, Maydanek, Theresienstadt.