Sotto la direzione di Glücks l'universo dei campi di sterminio ebbe un ulteriore ampliamento durante il 1941. Nel maggio diventava operativo il campo di concentramento di Natzweiler-Struthof, vicino a Strasburgo, destinato a diventare tristemente famoso per gli esperimenti medici sui prigionieri. A settembre venne aperto Niederhagen presso Paderborn. Fu verso la fine del 1941 che si ebbero sviluppi importanti verso il progetto di sterminio.

Nel novembre a nord ovest di Praga venne creato il "campo speciale" di Theresienstadt. Si trattava di un luogo nel quale concentrare gli ebrei tedeschi di età superiore ai 65 anni, quelli decorati nella Prima Guerra Mondiale e tutti coloro che venivano considerati per qualche motivo "importanti". Theresienstadt doveva rappresentare anche un "campo di propaganda" destinato ad accogliere le visite della Croce Rossa Internazionale per dimostrare al mondo che nei campi tedeschi non si svolgeva nessuna atrocità.
All'inizio di dicembre 1941 sorsero i primi due campi che, sin dalla loro fondazione, prevedevano operazioni di sterminio. Chelmno/Kulmhof fu il primo campo progettato per uccidere. Il problema che i tedeschi intendevano risolvere era in questo caso l'eliminazione degli ebrei del Wartheland.

Questa regione, conquistata ai polacchi, era stata direttamente inglobata nel territorio del Reich e, come tale, doveva essere resa "libera dagli ebrei" (judenfrei) per prima. Himmler diede l'autorizzazione ad eliminare con la massima urgenza 100.000 ebrei del Wartheland con l'uso di camion a gas. Il primo comandante del campo fu Herbert Lange e - dal marzo 1942 - Hans Bothmann. Il 7 dicembre l'attività iniziò, si sarebbe fermata soltanto il 17 gennaio 1945 dopo aver ucciso circa 300.000 persone.
L'8 dicembre 1941, un giorno dopo Chelmno, entrava in azione il campo di Majdanek alla periferia di Lublino. Majdanek funzionò come campo di prigionieri di guerra gestito dalle SS fino al 1943. Dal 1943 in poi accolse russi, polacchi, ebrei di svariate nazionalità. Si è calcolato che vi morirono circa 360.000 persone.

Parallelamente all'istituzione di questi nuovi campi destinati allo sterminio mutava qualcosa anche ad Auschwitz che ormai funzionava da un anno. Himmler si recò a visitare Auschwitz il 1° marzo 1941 e ordinò la costruzione di un campo satellite a tre chilometri di distanza a Birkenau. Questa nuova installazione avrebbe dovuto ospitare 100.000 prigionieri di guerra. Si decise di allargare il campo principale di Auschwitz per potervi contenere 30.000 persone e si stabilì che 10.000 polacchi sarebbero stati usati nella fabbrica che l'azienda IG Farben aveva intenzione di costruire nel campo.

Nell'estate del 1941 Himmler convocò il comandante di Auschwitz Hoss a Berlino. Così Hoss ricorda l'incontro:
"Nell'estate del 1941- al momento non potrei citare la data esatta - venni improvvisamente convocato a Berlino presso il Reichsführer, tramite il suo aiutante. Contrariamente al solito, Himmler mi ricevette senza che fosse presente nessun aiutante, e mi disse sostanzialmente quanto segue: - Il Führer ha ordinato la soluzione finale della questione ebraica, e noi SS dobbiamo eseguire quest'ordine. I centri di sterminio attualmente esistenti a Oriente non sono assolutamente in condizione di far fronte alle grandiose azioni previste. Ho scelto perciò Auschwitz, sia per la sua ottima posizione dal punto di vista delle comunicazioni, sia perchè il territorio ad esso appartenente può essere facilmente isolato e camuffato. Per questo compito, avevo pensato di scegliere un alto ufficiale delle SS; ma per evitare fin dall'inizio difficoltà dovute a incompetenza, ho abbandonato tale idea; il compito sarà dunque affidato a Lei. Si tratta di un lavoro duro e difficile, che richiede l'impegno di tutta la persona, quali che possano essere le difficoltà future. Apprenderà ulteriori particolari dallo Sturmbannführer Eichmann, del RHSA, che Le invierò tra brevissimo tempo. - Tutti gli uffici che in un modo o nell'altro saranno compartecipi di tale compito, verranno da me informati a tempo debito. Lei ha il dovere di mantenere il piu assoluto silenzio riguardo a quest'ordine, anche con i Suoi superiori. Dopo il Suo colloquio con Eichmann, mi mandi immediatamente i piani delle installazioni previste. Gli ebrei sono gli eterni nemici del popolo tedesco, e devono essere sterminati. Tutti gli ebrei su cui possiamo mettere le mani in questo tempo di guerra, devono essere ammazzati, senza eccezione. Se non riusciremo ora a distruggere le basi biologiche dell'ebraismo, un giorno saranno gli ebrei ad annientare il popolo tedesco"