Il governo nazista cominciò a soffiare sul fuoco dell'indipendentismo slovacco all'indomani dell'annessione dei Sudeti. Vennero sviluppati contatti con il Partito Popolare slovacco, specie con l'area più estrema che spingeva per l'indipendenza.
La reazione del governo cecoslovacco fu di concedere uno statuto di autonomia amplissimo alla Slovacchia il 6 ottobre 1938. A Bratislava si insediò un governo regionale presieduto dal sacerdote cattolico Monsignor Jozef Tiso.
Dal punto di vista tedesco gli slovacchi avevano ceduto "accontentandosi" dell'autonomia. Hitler decise di moltiplicare le pressioni. Il 2 novembre 1938 Mussolini e Hitler si incontrarono a Vienna e in un "arbitrato" decisero di concedere all'Ungheria un quinto del territorio della Slovacchia. Si trattava di un avvertimento molto pesante all'indirizzo degli indipendentisti slovacchi. Il messaggio era chiaro: se la Slovacchia non avesse proclamato al più presto la propria indipendenza sarebbe stata spartita tra i suoi vicini.
Monsignor Tiso e gli uomini del Partito Popolare colsero subito il minaccioso invito a rendersi indipendenti e intavolarono trattative con il governo nazista.

Tra la fine del 1938 e i primi mesi del 1939 le discussioni tra il governo nazista e Monsignor Tiso affrontarono tutti i temi relativi alla nascita del nuovo Stato.
In uno degli incontri venne posta la questione degli ebrei slovacchi. Ad affrontare la questione furono Goering , Seyss-Inquart, il rappresentante dell'etnia tedesca residente in Slovacchia Karmasin e - per parte solvacca - il ministro Durcansky e Sano Mach, futuro ministro degli interni slovacco.
Nel colloquio Durcansky assicurò che il futuro Stato slovacco avrebbe trattato gli ebrei allo stesso modo della Germania.
A confermare la volontà di perseguitare l'ebraismo in Slovacchia arrivò a Berlino un cablogramma proveniente da Bratislava. Edmund Veesenmayer, esperto di questioni presso il Ministero degli Esteri tedesco ed inviato in missione in Slovacchia, scriveva che oramai aveva "gli ebrei nelle sue mani".
A questo punto le trattative per far nascere il nuovo stato slovacco potevano essere chiuse. Il 13 marzo 1939 Hitler convocò a Berlino Monsignor Tiso ponendogli la scelta tra l'immediata proclamazione dell'indipendenza o la spartizione del territorio slovacco tra Ungheria e Polonia.
Il 14 marzo 1939, rientrato a Bratislava, Tiso proclamò la Slovacchia stato indipendente. Il 15 marzo sostenendo di dover difendere i residenti di etnia germanica le truppe tedesche invasero ciò che rimaneva della Cecoslovacchia, ossia la Boemia e la Moravia. Praga venne occupata e i nuovi territori vennero proclamati "Protettorato della Boemia e Moravia".