Il 29 aprile alle 10 del mattino la battaglia ricominciò e questa volta i nazisti tentarono di bloccare le fogne facendo saltare in aria i passaggi.
L'operazione non ebbe grande successo perché le SS non si arrischiarono ad entrare nel dedalo del sistema fognario per timore di cadere nelle imboscate.
Il rastrellamento portò alla scoperta di trentasei rifugi nei quali vennero catturate 2.359 persone.
Gli ebrei sembravano non finire mai. Soprattutto continuavano a combattere: Stroop nel suo rapporto sostiene di aver ucciso negli scontri 106 "banditi" che opponevano resistenza.
La ricerca dei bunker diviene sempre più difficile, si tratta delle installazioni più complesse che resistono oramai da dieci giorni. Il 30 aprile Stroop constata che i bunker sono scavati a tre e anche a quattro metri di profondità e che senza qualche traditore che ne indichi la possibilità né con i cani né con i rivelatori acustici è possibile scoprirli.
La resistenza della ZOB si fa sempre più accanita e disperata. Stroop si convince che dai bunker che incontra non c'è da aspettarsi di vedere uscire nessuno.
Si tratta oramai di individuare i bunker che ospitano i combattenti che ogni notte attaccano pattuglie e SS isolati.
Altri 1.599 ebrei vengono catturati vivi e 179 sono uccisi negli scontri.