Nonostante l'idea della resistenza armata non si fosse radicata in tutto il movimento clandestino, a partire dal settembre vennero compiute alcune operazioni armate. La parte del movimento più determinata iniziò a prendere di mira i collaborazionisti.
Il primo carico di armi che il movimento riuscì a contrabbandare dall'esterno furono cinque pistole e sei bombe a mano consegnate dalla resistenza comunista polacca. Queste armi servirono all'attentato compiuto contro Josef Szerynski capo della polizia ebraica. L'attentato condotto da un ex membro della polizia, Israel Kanal, non uccise Szerynski ma il suo ferimento suscitò grande impressione in tutto il ghetto.
Da quel momento le azioni di sabotaggio delle fabbriche create dai tedeschi all'interno del Ghetto, gli attentati contro poliziotti e collaborazionisti si moltiplicarono. Per certi versi l'aggressività del movimento si trasformò in temerarietà senza che fosse stata predisposta una strategia chiara.
Ai primi del settembre 1942 un gruppo di diciotto elementi dotato di documenti falsi fabbricati da Josef Kaplan uscì dal ghetto.
I diciotto vennero intercettati dai nazisti e catturati. Diciassette vennero fucilati ed uno sotto le torture della Gestapo finì per rivelare l'attività di Kaplan. Il 3 settembre i nazisti arrestarono Kaplan.

Un altro capo della resistenza Shmuel Breslav che si era incaricato di liberare Kaplan venne ucciso. Reginka Justman - una coraggiosa militante del movimento - tentò di spostare le armi in un nascondiglio più sicuro ma venne anch'essa arrestata e le armi sequestrate. Il movimento riuscì a liberare Regina con un colpo di mano prima che salisse sul treno verso Treblinka ma Kaplan venne fucilato.
Il movimento di resistenza aveva perso in un colpo due personalità di spicco e le armi faticosamente acquisite. Si trattava di un vero e proprio disastro. Lo scoramento rischiò di far perdere qualsiasi volontà di resistenza al gruppo. Ma proprio quando l'idea stessa di resistenza stava tramontando il movimento trovò un capo carismatico: Mordechai Anielewicz.
Alla fine di ottobre 1942 il movimento tenne una riunione in via Mila. Fu creata una organizzazione centralizzata di resistenza la ZOB (Zydowska Organizacja Bojowa, "Organizzazione ebraica di combattimento") con un comitato politico e una direzione militare. La maggior parte delle organizzazioni politiche e giovanili aderì alla ZOB: gli uomini del BUND, i socialisti sionisti del Po'Alei Zion, i comunisti. Rimasero fuori i revisionisti del partito Betar che formarono una loro organizzazione combattente la ZZW (Zydowski Zwaziek Wojskowy, "Unione Combattente Ebraica"). Non costituirono alcuna unità militare i movimenti religiosi (chassidim e movimento religioso sionista).
Nella direzione militare della ZOB vennero nominati Mordechai Anielewicz come comandante; Yitzhak Zuckermann vicecomandante e addetto alle armi e alle munizioni; Marek Edelman e Jochanan Morgenstern responsabili del servizio informazioni; Hirsch Beluski e Michael Rosenfeld.
Così ricostruita e rinforzata la ZOB ricominciò le operazioni militari: il 29 ottobre 1942 vicecomandante della polizia ebraica Lejkin venne ucciso, l'azione di propaganda venne moltiplicata e gli attentati alle spie e ai collaborazionisti paralizzarono l'azione di spionaggio nazista all'interno del ghetto.