Il 22 luglio 1942 Adam Czerniakow venne convocato al comando della Gestapo lo Sturmbannführer Hoefle gli comunicò che dall'indomani e per ogni giorno avrebbe dovuto fornire 6.000 persone da deportare verso Est. Czerniakow che aveva più volte ricevuto garanzie che non vi sarebbe stata alcuna deportazione vide ogni sua certezza, ogni sua illusione crollare. Nel suo diario di quel giorno scrisse: "Siamo stati informati che, tranne alcune eccezioni, gli ebrei di ogni età e sesso saranno trasferiti ad Est. Oggi entro le ore 16 dovranno essere consegnate le prime 6.000 persone. Ogni giorno questa sarà la cifra minima. Lo Sturmbannführer Hoefle mi ha convocato nel suo ufficio e mi ha informato che per il momento mia moglie è libera ma, se l'evacuazione non dovesse riuscire come previsto, sarà fucilata".
Il 23 luglio seduto alla sua scrivania Czerniakow scrisse l'ultima pagina del suo diario: "Sono le tre del pomeriggio. In questo momento sono pronti a partire in 4.000. Alle 16 secondo gli ordini dovranno essere 6.000. Le SS vogliono che uccida i bambini con le mie mani. Non c'è altra via d'uscita: devo morire". Czerniakow chiuse il diario e si suicidò ingerendo il contenuto di una fiala di cianuro.
Nei 52 giorni di deportazione i nazisti dovettero fare il lavoro di caccia all'ebreo in prima persona servendosi dell'aiuto della polizia ebraica. Ogni poliziotto doveva portare alla Umschlagplatz, da dove partivano i treni, cinque persone. quando non riuscivano a raggiungere questo numero venivano deportati a loro volta.

La tecnica di rastrellamento era abbastanza semplice. In una prima fase veniva circondato uno stabile. Coloro che avevano i permessi di lavoro e le loro famiglie rimanevano, tutti gli altri venivano caricati sui treni. In una seconda fase vennero deportati anche i familiari dei lavoratori e negli ultimi giorni dell'operazione - non si fece più alcuna distinzione.
Nessuno fu risparmiato, non contava l'età, il sesso, lo stato di salute. Il mattino del 6 agosto 1942 allineati per quattro con alla testa la bandiera con la Stella di David centonovantadue bambini dell'orfanotrofio si avviarono marciando verso i treni. Ognuno aveva in mano un giocattolo ed una bottiglietta d'acqua. Il direttore dell'orfanotrofio Janusz Korczak - famoso pedagogo e scrittore di bellissime favole per bambini note in tutta Europa - non abbandonò i suoi bambini. Marciò con loro sino a Treblinka e con loro entrò nelle camere a gas.
L'operazione di svuotamento del ghetto ebbe il suo momento finale il 6 settembre. La polizia ebraica percorse tutte le strade annunciando che gli ebrei rimasti, di qualsiasi età o sesso, dovevano presentarsi nel quadrilatero formato da via Mila, via Lubecki, via Smocza e via Niska.
Ancora una volta gli ebrei ubbidirono. Sfilarono in mezzo ad un cordone di SS armate di fruste e di baionette. Ai lavoratori furono distribuiti dei numeri. Trentacinquemila furono i "fortunati".
Vennero insediati in una zona del ghetto che venne denominata "il calderone". Tutti gli altri vennero avviati ai treni. Questa selezione durò sino al 10 settembre. Seguì un giorno di pausa. Il 12 settembre la maggior parte dei poliziotti vennero arrestati e deportati a loro volta.
Il 90% degli abitanti del Ghetto erano stati portati verso la morte. Rimanevano i trentacinquemila lavoratori e ventimila o venticinquemila persone che si erano sottratte nascondendosi ai rastrellamenti.
Insieme ai deportati erano morte le illusioni e le speranze. Gli ebrei rimasti erano quasi tutti individui soli che avevano perduto le loro famiglie, i loro affetti.