I nazisti presenti nel campo di Amersfoort erano organizzati in due strutture: le guardie del campo e gli uomini che operavano all'interno del lager.
Il primo comandante del complesso concentrazionario fu l'SS-Obersturmführer Walter Heinrich che vi rimase sino al 1° marzo 1943. All'epoca trentatreenne Heinrich - pur essendo nella vita civile un poliziotto - non aveva alcuna esperienza nella gestione di un campo di concentramento.
Ad aiutarlo tuttavia vi erano due persone dotate di esperienza che erano state impiegati nel campo di Dachau: i sottufficiali Petri e Berg. A questi si aggiungevano due altri ufficiali di "provata esperienza": l'SS-Schutzhaftlagerführer I Hans Cornelis Stöver che aveva comandato il campo di Schoorl e l'SS-Schutzhaftlagerführer II Karl Peter Berg anch'egli proveniente da Schoorl.
All'esterno del campo vigilava una compagnia di SS comandata dapprima dal capitano delle SS Alphons Brendel (1941) e, successivamente sino al 1944, da un altro capitano delle SS Paul Anton Helle.
Diretto dipendente di Karl Peter Berg fu l'SS-Unterschutzhaftlagerführer Joseph Johann Kotälla che risultò il più sadico tra le SS presenti nel campo di Amersfoort.
Dopo il 1° marzo 1943 Karl Peter Berg divenne comandante del campo in sostituzione di Heinrich sino alla fine della guerra.