Nacque il 13 ottobre 1887 a Velkabyta. Abbracciò la carriera religiosa e nonostante la carica sacerdotale si occupò di politica divenendo uno dei capi del Partito Popolare slovacco fondato da un altro ecclesiastico: Andrej Hlinka.
Il partito poneva tra i suoi punti programmatici la separazione della Slovacchia e la sua proclamazione a Stato indipendente. Dal 1927 al 1929 Tiso sedette al Parlamento cecoslovacco finendo poi per dare le dimisiioni da deputato.
Quando nel 1938 la Slovacchia ottenne un'ampia autonomia federale, gli venne affidato il governo regionale in qualità di Presidente.
Il 10 marzo 1939 grazie all'aiuto tedesco Tiso dichiarò l'indipendenza della Slovacchia formando un governo clerico-fascista.

L'opera di governo di Tiso si scontrò sin dall'inizio con la necessità di soddisfare le opposte esigenze della Chiesa cattolica e le pretese naziste. Si trattò quindi di un governo servile e irresoluto che riuscì a scontentare il potente alleato tedesco e ad irritare progressivamente la Chiesa.
Tiso accettò di introdurre una legislazione antisemita ma la definizione che la legge dava degli ebrei era unicamente su base religiosa e non razziale.
Questo atteggiamento era del tutto incomprensibile per i tedeschi che giudicarono Tiso incapace di eseguire con esattezza il compito di eliminare il giudaismo dalla Slovacchia.
Tiso era premuto nella sua opera di governo dall'ala destra i cui più importanti esponenti erano il ministro degli Esteri Tuka e il ministro degli Interni Mach.
Quest'ala destra aveva formato una sorta di gruppo paramilitare modellato sull'esempio delle SS tedesche: le "Guardie di Hlinka".

Nel 1940 ad opera dell'ambasciatore tedesco a Bratislava von Killinger, si tenne il cosiddetto "compromesso di Salisburgo". Tiso accettò di fatto di dividere il potere con le "Guardie di Hlinka".
L'arrivo al potere di Tuka e di Mach determinò un aggravarsi delle condizioni degli ebrei slovacchi sino alla prima grande ondata di deportazioni della primavera 1942.
Tiso fu anche responsabile della dichiarazione di guerra all'Unione Sovietica e della partecipazione slovacca alla guerra hitleriana.

Nel 1942 dopo le deportazioni a causa della pressione della Chiesa e dell'opinione pubblica Tiso varò una legislazione che ammorbidiva relativamente i provvedimenti adottati da Mach e Tuka.
Tuttavia già nel 1943 di fronte alle richieste tedesche Tiso si mostrò accondiscendente e disponibile a cedere gli ebrei rimasti.
I colloqui diplomatici intavolati dall'inviato tedesco Veesenmayer e dall'ambasciatore Ludin furono interrotti nell'agosto 1944 dalla insurrezione dell'esercito slovacco che cercò di espellere i tedeschi dal Paese.
Tiso, perso il controllo della nazione, chiese l'intervento dei tedeschi che inviarono le SS per sedare la rivolta.
Le truppe naziste non si limitarono al massacro degli insorti ma si dedicarono alla caccia ed alla deportazione degli ebrei slovacchi rimasti nel Paese.

Esautorato dal potere Tiso negli ultimi mesi di guerra trovò rifugio in Germania dove venne arrestato dagli angloamericani.
Estradato in Cecoslovacchia venne processato dal Tribunale Nazionale e condannato a morte. La sentenza venne eseguita il 18 aprile 1947.